بخش میکروب شناسی آزمایشگاه دارای ۳ زیر مجموعه اصلی است:

باکتری شناسی، قارچ شناسی و انگل شناسی

این بخش از جذاب ترین و چالش برانگیزترین بخش های آزمایشگاه است، چرا که بیشتر از هر دستگاهی علم و دانش کارشناسان و متخصصان بخش را درگیر می کند.

در مورد آزمایشات این بخش زمانی به جواب درست و صحیح خواهیم رسید که در زمان درست ( سیکل بیماری، سیکل درمان و مصرف دارو تعیین کننده است )، از محل درست و به شیوده درست نمونه میکروبی، قارچی و انگلی را اخذ کنیم و اگر در محل آزمایشگاه این نمونه های تهیه نشده است با حفظ شرایط دمایی و زمانی مناسب به آزمایشگاه ارجاع داده شود.

موارد کلی و مهمی که در این بخش انجام می شود شامل:

آنالیز ادرار و سایر مایعات بدن

کشت خون

آنالیز مدفوع و بررسی از نظر تخم انگل

کشت و آنتی بیوگرام از نمونه های مختلف

تعیین نوع باکتری

مشاهده مستقیم و کشت قارچ